Khoa Kỹ thuật Môi trường là một trong những đơn vị mạnh hàng đầu, không chỉ ở Trường Đại học Xây dựng mà còn trong số các trường đại học, cơ sở giáo dục, nghiên cứu trong lĩnh vực môi trường ở Việt Nam, về hoạt động hợp tác quốc tế (HTQT) trong KHCN. Trong những năm qua, các cán bộ giảng viên của Khoa đã chủ trì và tham gia nhiều dự án HTQT ở quy mô quốc gia, khu vực và toàn cầu được tài trợ bởi Chính phủ các nước phát triển, các tổ chức quốc tế (ví dụ: ERASMUS-EU, Quỹ NEWTON – Vương quốc Anh, GIZ – Đức, Global Minds – Vương quốc Bỉ, USAID – Mỹ, JICA – Nhật Bản, KOICA – Hàn Quốc, World Bank, UNDP, UNEP …), cũng như xây dựng mạng lưới hợp tác nghiên cứu khoa học với nhiều trường đại học, viện nghiên cứu, các tổ chức quốc tế trong một số lĩnh vực là thế mạnh chuyên môn của Khoa Kỹ thuật Môi trường như công nghệ, kỹ thuật kiểm soát ô nhiễm môi trường; khoa học và chính sách quản lý môi trường; sức khỏe môi trường; kinh tế tuần hoàn, thu hồi và sử dụng tài nguyên hiệu quả, bền vững; ứng phó với biến đổi khí hậu; sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả, năng lượng tái tạo; công trình xanh; thành phố bền vững. Các dự án HTQT đã góp phần nâng cao năng lực nghiên cứu khoa học cho cán bộ giảng viên và hỗ trợ hiệu quả cho công tác đào tạo của Khoa. Bên cạnh các dự án HTQT, Khoa đã chủ trì và phối hợp với các đơn vị trong và ngoài trường, trong nước và quốc tế tổ chức nhiều Hội nghị, Hội thảo quốc tế, qua đó thiết lập và phát triển mạng lưới hợp tác với các cơ quan quản lý nhà nước, trường đại học/viện nghiên cứu trong và ngoài nước, khối tư nhân, NGOs, tổ chức quốc tế… Thông qua các dự án HTQT, Khoa Kỹ thuật Môi trường đã và đang đóng góp một cách tích cực và hiệu quả vào công cuộc xây dựng và thực hiện các chính sách, chiến lược, giải pháp, và sáng kiến bảo vệ môi trường và phát triển bền vững của đất nước và khu vực.