Đến nay, Khoa Kỹ thuật Môi trường đã thiết lập và phát triển quan hệ hợp tác trong các lĩnh vực đào tạo và KHCN với nhiều trường đại học, viện nghiên cứu ở các nước trong khu vực và trên thế giới, bao gồm:

• Đại học Technische Universität Dresden, Đức
• Đại học Southampton, Vương quốc Anh
• Đại học King College London, Vương quốc Anh
• Đại học KU Leuven, Vương quốc Bỉ
• Đại học Quốc gia Ireland, Galway, Ireland
• Viện giáo dục nước IHE-Delft, Hà Lan
• Đại học Houston, Mỹ
• Đại học Washington, Mỹ
• Đại học New South Wales, Úc
• Đại học Tokyo, Nhật Bản
• Đại học Saitama, Nhật Bản
• Viện Khoa học và Công nghệ Hàn Quốc (KIST), Hàn Quốc
• Viện Khoa học và Công nghệ tiên tiến Hàn Quốc (KAIST), Hàn Quốc
• Viện Hợp chuẩn Hàn Quốc (KCL), Hàn Quốc
• Đại học Universiti Teknologi MARA (UiTM), Malaysia
• Đại học Universiti Putra Malaysia (UPM), Malaysia
• Đại học Thammasat, Thái Lan
• Đại học Công nghệ Suranaree, Thái Lan