Khoa Kỹ thuật Môi trường có các ngành/chuyên ngành đào tạo hệ Tiến sỹ:

•    Chuyên ngành Cấp thoát nước (ngành Kỹ thuật cơ sở hạ tầng)
•    Chuyên ngành Công nghệ Môi trường nước và nước thải (ngành Kỹ thuật Môi trường)
•    Chuyên ngành Công nghệ Môi trường Không khí (ngành Kỹ thuật Môi trường)
•    Chuyên ngành Công nghệ Môi trường Chất thải rắn (ngành Kỹ thuật Môi trường)

Công tác đào tạo hệ Tiến sỹ hiện nay đang được thực hiện theo chiến lược của nhà Trường: “Chuẩn hóa, Hiện đại hóa và Hội nhập Quốc tế”.